Kampus UIN, menurut Saiful, hanya melakukan administrasi di awal pemilihan rektor. Nama-nama itu kemudian diserahkan ke Kementerian Agama, lalu diputuskan oleh Menteri Agama.

Jauh-jauh hari, Saiful Mujani, sudah memprotes cara pemilihan rektor hanya lewat keputusan Menteri Agama. Namun, protes itu tidak didengar dan pemilihan rektor hanya lewat menteri tetap berlanjut.

"Transparansi tidak nampak. Kasak-kusuk lobi alternatifnya. Sebagai guru di kampus ini malu rasanya. Saya pernah bersuara agar pemilihan rektor dengan cara jahiliah ini diboikot saja. Tapi tidak ada yang dengar," ucap Saiful Mujani.

Demikian dengan Aceh. Pemerhati Agama dan Sosial Politik, Teuku Muhammad Jafar Sulaiman juga menyampaikan pendapatnya. Pemilihan rektor UIN sebaiknya dikembalikan kepada senat dan peraturannya segera direvisi.

“Dunia pendidikan harus bebas dari intervensi politik, dengan model pemilihan seperti ini, besar sekali muatan politik. Sehingga, kampus terkesan tidak kritis lagi. Janganlah semua harus diintervensi politik, mau jadi apa bangsa ini,” sebutnya.

Teuku Muhammad Jafar Sulaiman meminta agar pelaksanaan pemilihan Rektor dikembalikan seperti cara lama, proses pemilihannya dilakukan oleh stakeholder kampus bersama dengan Kemenag.